Fontes protestantes informaram que uma ampla opressão aos protestantes no Uzbequistão começou um dia depois do levante em Andijan ser abafado. Igrejas presbiterianas foram fechadas em Yangiyul e Angren, cidades próximas da capital Tashkent, bem como nas cidades pequenas de Farhad, em Syrdarya - região ao sul de Tashkent, cujo pastor passou sete dias na prisão.

Em Termez, na fronteira com o Afeganistão, a polícia levou o pastor Bahrom à delegacia, onde ele foi espancado e mantido com algemas. Toda a congregação - incluindo dez crianças de seis meses a catorze anos - foi mantida pela polícia por 24 horas no lugar onde a igreja se reúne para os cultos. "Eles não receberam nem comida nem água", um protestante disse. "A polícia então levou os membros da igreja a uma delegacia para verem o pastor detido e alertá-los e que eles poderiam sofrer o mesmo tratamento".

A polícia invadiu uma igreja protestante na cidade de Urgench, durante o culto de domingo no dia 26 de junho, relataram fontes protestantes. Alguns dos 60 membros de igreja presentes foram detidos brevemente para um interrogatório, enquanto os outros eram interrogados na igreja. A congregação - cujo pastor foi demitido do emprego em uma fábrica há várias semanas - tem tentado em vão se registrar nos últimos dois anos, mas as agências locais que devem aprovar o pedido se recusaram a considerá-lo. Na semana antes da invasão, o pastor havia discutido um novo pedido de registro com oficiais.

Protestantes no Karakalpaquistão, ao noroeste do Uzbequistão, relataram novas dificuldades de se reunirem. Quatro membros de várias igrejas fora da capital regional Nukus disseram que eles não podiam mais se reunir nem mesmo em grupos pequenos nas casas. Enquanto isso, a igreja Protestante Emmanuel, em Nukus - que teve o registro retirado no dia 4 de junho - está contestando a remoção do registro nas cortes. Uma audiência foi marcada para o dia 4 de julho. Dado que essa era a última igreja protestante restante no Karakalpaquistão, protestantes locais acreditam que este seja um caso crucial.

Enquanto isso, o julgamento dos membros líderes da Igreja Betânia em Tashkent foi marcado para o dia 7 de julho, protestantes da cidade informaram. Depois do culto no domingo dia 12 de junho, a igreja foi invadida pela polícia e seis membros - incluindo o pastor Nikolai Shevchenko - receberam acusações administrativas de transgredirem  a lei de religião do país ao liderarem uma comunidade religiosa não-registrada.