O governo está intensificando a repressão religiosa em resposta ao crescimento do terrorismo islâmico e a insurreição nos últimos anos, de acordo com a Comissão de Liberdade Religiosa da rede global de cristãos.

Como parte de uma "política de violenta perseguição religiosa" que teve início logo após a crise dos dias 12 e 13 de maio em Andijan, as autoridades têm confiscado Bíblias e outras literaturas cristãs e também tentam se livrar da "literatura islâmica politicamente desestabilizadora", segundo relatou a Aliança Evangélica Mundial e a Comissão de Liberdade Religiosa (WEA RLC).

"Ainda que o governo uzbeque seja 'democrático', continua usando de corrupção e da repressão nos estilos soviéticos", declarou a RLC no dia 13 de julho.

"O governo também tem adotado medidas severas para conter a ameaça islâmica", continuou. "Infelizmente essas medidas também afetam a minoria evangélica".

Em 1998, o Uzbequistão reviu suas leis religiosas, tornando-se um dos países que mais violam a liberdade de religião.

Embora o Uzbequistão tenha liberado vários pastores presos baseados em falsas acusações em agosto de 1999, a RLC observou que a decisão deveu-se à pressão internacional, em particular de instituições dos Estados Unidos.

Depois da insurreição de 2000, o governo apertou o cerco junto às minorias religiosas não registradas. De acordo com relatos, milhares de muçulmanos associados com os wahhabis, o Movimento Islâmico do Uzbequistão (IMU) ou Hizb ut  Tahrir foram presos, criando um tormento considerável para a comunidade. O IMU possui ligações próximas com a Al-Qaeda, e já declarou que sua meta é estabelecer um estado islâmico na Ásia Central. O Hizb ut Tahrir, que combina a doutrina do wahhabi com estratégias e táticas leninistas, ameaça a estabilidade, não só do Uzbequistão, mas também de toda a região da Ásia Central.

O fértil e populoso Vale Ferghana abriga um crescente número de muçulmanos wahhabi e militantes.

Mais de 90% da população uzbeque é muçulmana. Sua capital, Tashkent, é uma fortaleza islâmica na Ásia central. Depois da divisão da União Soviética, grupos islâmicos, especialmente os sauditas, incentivaram a construção de mesquitas e madrassas e também a divulgação de literatura da doutrina wahhabi.

A Igreja no Uzbequistão, no entanto, constitui cerca de 1,3% e passa por perseguição, de acordo com a RLC. É praticamente impossível para as igrejas possuir registro junto ao governo, mesmo quando as igrejas preenchem todos os requisitos. Atividade religiosa não registrada é considerada ilegal e líderes evangélicos são regularmente perseguidos e multados pelas autoridades. Os ex-muçulmanos recém-convertidos ao cristianismo passam por severa perseguição por parte da sociedade muçulmana. Eles são condenados e punidos pelas cortes, e não recebem ajuda das autoridades. Isso faz com que toda a "obra missionária" seja considerada ilegal.