Ainda atordoado, depois de ser eleito para o governo federal em 2004, o Partido Bharatiya Janata (BJP) - a ala política do grupo extremista hindu Rashtriya Swayamsevak Sangh - avançou em sua campanha em prol do nacionalismo hindu.

A colisão religiosa entre governo e mercenários parecia mais um ataque coordenado no Estado de Rajasthan, governado pelo BJP. Lá, as autoridades iniciaram uma campanha cruel contra os ministros da Missão Emmanuel Internacional (EMI, sigla em inglês).

Em 16 de março, os policiais do Estado de Rajasthan prenderam o pastor Samuel Thomas, presidente da EMI e filho do arcebispo M.A. Thomas, fundador da EMI. Os dois se esconderam depois de extremistas hindus os acusarem de distribuir um livro controverso, que supostamente denegria a religião e as divindades hindus.
 
Samuel Thomas foi libertado sob fiança, e seu pai pode pagar uma fiança antecipada. Antes a polícia havia prendido, sem acusações, o chefe de operações da EMI e o responsável pelo orfanato Centro da Esperança, em Raipura.

No fim de maio, a administração do distrito de Kota acusou Thomas e seu filho de "instigarem desafetos em relação ao governo da Índia". As novas acusações foram baseadas em um relato da polícia de Kota. Ela disse que um mapa da Índia, postado no site da Hopegivers International, fundadora da EMI, excluía o Estado de Jammu e Caxemira. Um crime desse tipo pode levar à prisão perpétua.

Na segunda semana de maio, um ataque simultâneo aos orfanatos, escolas e outros ministérios da EMI foram intensificados quando o ministro estadual do Bem-estar Social, Madan Dilawar, disse que ele deveria ser apedrejado se falhassem as tentativas do governo de retirar as propriedades da EMI. Essa declaração foi feita menos de um mês depois que o Estado revogou as licenças de um instituto bíblico da EMI e de uma escola, um hospital e uma igreja no Estado. As licenças e as contas congeladas da EMI foram, desde então, restituídas com o tempo.

Em 10 de fevereiro, em Ramganjmandi, outro grupo de extremistas queimaram uma escola e orfanato da EMI. De acordo com funcionários da Missão Emmanuel, a polícia alertou antecipadamente o diretor da escola de que ela não iria deter a violência. Também em 10 de fevereiro, a polícia de Kota notificou o Seminário Emmanuel que ela não poderia guardar a cerimônia de graduação dos 10.250 alunos. Ela também disse para o arcebispo Thomas cancelar ou adiar a cerimônia. Mais de oito mil alunos transferiram sua cerimônia de graduação para outras cidades no sul da Índia.
 
Em 25 de fevereiro, extremistas hindus pediram um boicote ao orfanato de Kota, impedindo a ajuda legal de advogados ou mesmo a compra de comida para as crianças. Funcionários da EMI disseram que inspetores eram recrutados para encontrar erros nos orfanatos, escolas e templos, a fim de condená-los e demoli-los, para serem substituídos por centros de yoga e templos hindus.

Em 3 de março, extremistas ofereceram uma recompensa de 26 mil dólares individualmente pelas cabeças do arcebispo Thomas e de seu filho.
 
Uma delegação do Conselho Geral de Cristãos da Índia entregou um relatório ao primeiro ministro Manmohan Singh em 21 de março. Eles concluíam que o governo do Estado de Rajasthan estava oprimindo os cristãos através do BJP. A delegação também concluiu que a máquina do governo de Rajasthan, incluindo os sistemas de administração judiciária e civil, "sucumbia com as pressões políticas do BJP". A delegação também dizia que Madan, o ministro estadual do Bem-estar Social, estava por trás dos ataques aos cristãos em Kota.

"Os membro dos BJP oferecem grandes somas de dinheiros pelo assassinato do arcebispo Thomas e de seu filho, enquanto o governo do Estado sufoca alegremente seus orfanatos e escolas, rescindido seus registros sem dar à Missão Emmanuel tempo suficiente de responder a uma notificação", relatou John Dayal, secretário geral do Conselho.